San hô là tên gọi chung của lớp động vật bậc thấp (Anthozoa), thuộc ngành ruột khoang (Coelenterata) sống ở biển. Trong lớp san hô có nhiều bộ san hô khác nhau như: San hô mềm, san hô cứng, san hô xanh, san hô đen, san hô thuỷ tức… Trong đó, quan trọng nhất và có ý nghĩa nhất là bộ san hô cứng (Scleractinia) hay còn gọi san hô tạo rạn, san hô đá. Vịnh Hạ Long có nhiều bộ san hô nhưng phổ biến nhất là bộ san hô này…
Đối với sinh vật và tự nhiên, rạn san hô có tính đa dạng sinh học cao nhất trong lòng biển, có thể so sánh với hệ sinh thái rừng mưa nhiệt đới.
Mỗi rạn san hô có chứa hàng ngàn loài sinh vật, chúng sinh sống, kiếm ăn và đẻ trứng trong đó. Do vậy đây là nơi lưu giữ nguồn gen, nguồn giống cho toàn vùng biển.
Đối với đời sống con người, rạn san hô được ví như là những con đê ngầm chống xói lở, ngăn cản tác động của sóng biển khi gió bão.
Qua việc hấp thu các chất vẩn trong nước và làm lắng đọng chúng xuống đáy, san hô còn giúp làm sạch môi trường.
Theo đánh giá của các nhà khoa học, nhất là kết quả khảo sát đa dạng sinh học Vịnh Hạ Long của Viện Tài nguyên và Môi trường biển cách đây mấy năm thì san hô ở Vịnh Hạ Long có xu thế giảm dần về số lượng loài và về độ phủ diện tích theo thời gian.
Những năm 80 và 90 của thế kỷ 20, san hô phân bố ở hầu hết các đảo đá vôi trong Vịnh Hạ Long, kể cả các đảo gần bờ như Đầu Gỗ, Hòn Vểu, Dầm Nam… Nhiều rạn san hô trải dài hàng trăm mét. Tuy nhiên, sau hơn 20 năm, các rạn san hô cơ bản chỉ còn một dải hẹp ven các đảo phía ngoài như Cống Đỏ, Vạn Gió, Đầu Bê, Hang Trai, Bọ Hung. Các rạn san hô ở các đảo phía trong đã bị chết hoặc còn lại không đáng kể. Số lượng loài cũng bị suy giảm nhanh, từ trên 200 loài nay ước chỉ còn gần 100 loài trong phạm vi khu di sản.
Nguyên nhân làm suy giảm diện tích các quần thể san hô trên Vịnh, như các nhà khoa học đã chỉ ra, là do bên cạnh các tác nhân địch hại như một số loài ốc, sao biển gai, bệnh dịch, nhiệt độ nước biển tăng… thì còn có nguyên nhân đáng kể từ con người. Đó là do các hình thức khai thác hải sản cạn kiệt một số loài dẫn đến mất cân bằng sinh thái gây bùng phát một số loài địch hại của san hô như sao biển gai, thân mềm, rong… Nhất là quá trình đô thị hoá, nạo vét luồng lạch, hoạt động của tàu thuyền, chặt phá rừng đầu nguồn, khai thác than, lấn biển đã làm đục hoá và ngọt hoá nước biển. Cùng với đó, môi trường biển bị ô nhiễm do lượng nước thải, rác thải sinh hoạt, công nghiệp v.v… là những nguyên nhân trực tiếp làm suy giảm san hô trên Vịnh Hạ Long.
Để cứu các rạn san hô của Vịnh Hạ Long, theo các nhà khoa học, chỉ có một cách bền vững nhất là phải luôn đảm bảo chất lượng nguồn nước ở đây.
Cụ thể là phải thực hiện đồng loạt giải pháp bảo vệ nguồn nước của vịnh bằng cách quản lý chặt chẽ hoạt động xả nước thải, rác thải các khu vực ven bờ, tàu thuyền trên vịnh.
Cùng với đó, cần phải tổ chức “gieo cấy” lại các rạn san hô cho Vịnh Hạ Long bằng các giá thể xi măng hoặc chính thảm san hô chết. Ngoài ra, có thể dùng các vật liệu bằng gỗ, bê tông, sắt, cao su… xử lý kỹ, loại bỏ hoàn toàn hoá chất rồi thả xuống vịnh để san hô bám và phát triển.
Nếu kiên trì sau vài chục năm làm sống lại rạn san hô, Hạ Long có thể có thêm một loại hình du lịch mới: lặn xuống đáy biển xem san hô vốn đang rất hấp dẫn hiện nay.
Một tín hiệu đáng mừng là gần đây, tại hồ Mê Cung, do được cán bộ, nhân viên Trung tâm Bảo tồn công viên, hang động (Ban Quản lý Vịnh Hạ Long) quan tâm bảo vệ, giữ gìn nên quần thể san hô ở hồ đang phục hồi, phát triển. Điều đó cho thấy, nếu được quan tâm, san hô ở Vịnh Hạ Long có hy vọng được bảo tồn, nhân rộng ở các khu vực khác.